La instancia superior y el principal órgano de toma de decisiones de GWP Centroamérica (GWP CAM) es la Asamblea General. La Asociación está conformado por 6 Asociaciones Nacionales, un Comité Directivo, y el Secretariado Regional.
Asamblea General de Miembros: Se reúne una vez al año para aprobar el programa de trabajo y el presupuesto anual, también para conocer el informe de actividades de las Asociaciones Nacionales para el Agua. Sirve además para el intercambio de experiencias y lecciones aprendidas sobre acciones que se implementan en la región para el uso sostenible del agua.
Asociaciones Nacionales para el Agua: (Country Water Partners - CWPs) están conformados por miembros de GWP de cada uno de los países. En Centroamérica los CWPs son: El Salvador, Costa Rica, Guatemala, Honduras, Nicaragua, Panamá.
Comité Directivo Regional: Está formado por los presidentes de los CWPs de cada país y se encarga de impulsar la aplicación de las políticas y principios que rigen la organización y dar seguimiento a la labor que se realiza en el secretariado regional.
El Secretariado Regional: Es el órgano administrativo y ejecutivo de GWP CAM y cuenta con el personal que se encarga de implementar el plan de trabajo anual de la organización, de acuerdo a los lineamientos establecidos por el Comité Directivo.
El Secretariado Mundial: Está ubicado en Estocolmo, Suecia y es gestionado por la Secretaria Ejecutiva. El Secretariado responde ante el Comité Directivo Global.
El Secretariado se mantiene vinculado a las regiones a través de los Network Officers, que acompañan y aconsejan a las regiones en sus decisiones y actividades.