Le fleuve Kagera est le plus grand affluent du lac Victoria et est donc un affluent du bassin du Nil. Quatre pays se situent (partiellement) dans le bassin du Kagera: Burundi, Rwanda, Tanzanie et l'Ouganda.

L'Organisation du Bassin du Kagera (KBO) fut créé en 1977, en vertu d'une initiative du PNUD, mais a été dissoute en 2004. Par conséquent, les acteurs clés dans le bassin du Kagera sont actuellement: l'Initiative du Bassin du Nil (Nile Basin Initiative, NBI), à travers le Programme d'Action pour les Lacs Équatoriaux (Nile Equatorial Lakes Subsidiary Action Program, NELSAP), et l'Autorité du Bassin du lac Victoria.