Ce Projet s’inscrit dans la continuité du Projet Mékrou Phase 1, « L’eau au service de la croissance et de la lutte contre la pauvreté dans le bassin transfrontalier de la Mékrou (Burkina Faso, Bénin et Niger) », financé par la Commission Européenne (CE), préparé et mis en œuvre de 2014 à 2017 conjointement par le Partenariat Mondial de l’Eau (GWP), le GWP-AO et le Centre Commun de Recherche (CCR) ou Joint Research Center (JRC) de la CE, en collaboration étroite avec le Centre régional d’Agro-Hydro-Météorologie (AGRHYMET), des principaux partenaires nationaux des 3 pays concernés et l’Autorité du Bassin du Niger (ABN).
Le Projet Mékrou Phase 1 avait permis entre autres de doter le bassin de la rivière Mékrou d’un Cadre Stratégique pour la Sécurité en Eau (CaSSE) pour le bassin transfrontalier de la Mékrou ainsi que sa zone d’influence complété par un « Programme des Mesures et des Plans d’Investissements (PMPI) », le tout constituant le « SDAGE du bassin de la Mékrou».
Le SDAGE du bassin de la Mékrou vise à apporter des réponses idoines aux grands problèmes identifiés dans le bassin transfrontalier et sa zone d’influence, conformément aux priorités de développement identifiées par les parties prenantes de l’espace.