第一阶段：全球水伙伴中国技术顾问委员会(2000年11月—2006年9月)
2000年11月全球水伙伴中国技术顾问委员会正式成立，梁瑞驹任主席。2003年9月30日，杨振怀担任全球水伙伴中国技术顾问委员会名誉主席，董哲仁为主席，杨国炜为副主席，王浩为秘书长。
第二阶段：全球水伙伴中国委员会(2006年9月—2016年3月)
全球水伙伴中国技术顾问委员会转型为全球水伙伴中国委员会并于2006年9月召开全球水伙伴中国委员会第一次伙伴代表大会，通过了《全球水伙伴中国委员会章程》，选举产生了第一届理事会，董哲仁为理事长，王浩为秘书长。2008年1月，召开全球水伙伴中国委员会第一届理事会第四次会议，选举王浩为副理事长，郑如刚为秘书长。2009年5月，召开全球水伙伴中国委员会第二次伙伴代表大会，选举汪恕诚为理事长，董哲仁为常务副理事长，王浩为副理事长，郑如刚为秘书长。
第三阶段：中国水资源战略研究会暨全球水伙伴中国委员会(2016年3月至今)
为规范组织管理，全球水伙伴中国委员会在水利部的支持下，以中国水利水电科学研究院作为发起单位，以中国水资源战略研究会的名称向民政部提交社团组织登记注册申请。民政部于2014年3月20日以《关于中国水资源战略研究会筹备成立的批复》(民函)〔2014〕75号文批复同意召开中国水资源战略研究会成立大会。
2016年3月，召开中国水资源战略研究会第一次会员代表大会暨全球水伙伴中国委员会第三次伙伴代表大会，宣布正式成立中国水资源战略研究会，会上通过了《中国水资源战略研究会章程》，选举了中国水资源战略研究会第一届和全球水伙伴中国委员会第三届领导机构和领导人。蔡其华为理事长，王浩为常务副理事长，匡尚富等8人为副理事长，蒋云钟为秘书长。
2020年12月，召开中国水资源战略研究会第二次会员代表大会暨全球水伙伴中国委员会第四次伙伴代表大会，会议通过《中国水资源战略研究会章程》修订，选举产生了中国水资源战略研究会第二届暨全球水伙伴中国委员会第四届领导机构。蔡其华为理事长，王浩为常务副理事长，于兴军等16人为副理事长，蒋云钟为秘书长。
2025年12月，召开中国水资源战略研究会第三次会员代表大会，选举产生了中国水资源战略研究会第三届领导机构。仲志余为理事长，李锦秀等11人为副理事长，赵勇为秘书长兼法定代表人。