中国水资源战略研究会现行组织架构如下：会员代表大会选举产生理事会与监事。理事会为组织决策机构，统筹制定组织发展战略、审定重大决策、规划发展方向。监事主要负责监督理事会及秘书处履职情况，保障组织各项活动规范开展、严格恪守章程及相关规定。
理事会下设秘书处、技术委员会及各分支机构。秘书处作为管理与执行机构，承担日常运营管理、决策部署落实、内外部沟通协调及资源整合统筹等工作；技术委员会由理事会聘任专家组成，作为组织核心技术支撑机构，为各项决策提供专业咨询、技术论证与学术指导；各分支机构则是组织在不同领域、区域及专业方向的延伸载体与落地平台。